Gli incarichi apicali dell'Agenzia sono: Direttore generale, Direttore Amministrativo e Direttore Tecnico. Le informazioni di merito sono contenute nella sezione "Incarichi amministrativi di vertice" a cui si rimanda.
Ai sensi dell'art. 8 comma 1 della legge regionale n. 18/2016 e dell'art.7 dello Statuto di Arpa Piemonte, sono organi dell’Agenzia:
- Il Direttore Generale
- Il Collegio dei Revisori.