Sequenziamento acque reflue: le varianti dominanti nel 2024 nel depuratore di Castiglione Torinese

Le varianti dominanti a novembre e dicembre 2024

Campioni acqua reflua delle settimane 45-46-47-48-49-50-51-52/2024 e 01/2025. 

Le varianti dominanti di SARS-CoV-2 per il depuratore di Castiglione Torinese, dalla settimana 45 del 2024 alla 01 del 2025, sono elencate nella tabella 1. Si tratta di sottovarianti di Omicron.

_{Tabella 1. Varianti di SARS-CoV-2 dominanti nel periodo novembre-dicembre 2024}

La figura 2 mostra nel dettaglio l’alternanza delle sottovarianti dominanti di SARS-CoV-2 identificate in Piemonte a partire dalla 49sima settimana del 2021 con cadenza settimanale per i 4 depuratori analizzati (Castiglione Torinese, Alessandria, Cuneo, Novara). Per ogni settimana, fino alla settimana 10 del 2024, alla dominanza di ciascun depuratore è stato associato il valore di ¼, che ha permesso di monitorare la variazione della dominanza complessiva nella regione Piemonte. Dalla settimana 11 del 2024 si è monitorato unicamente il depuratore di Castiglione Torinese.

Le varianti non dominanti di SARS-CoV-2 a novembre e dicembre 2024

Nelle figure 3 e 4 e nella tabella 2 sono riportate le sottovarianti di Omicron per il depuratore di Castiglione Torinese e la loro abbondanza relativa, la quale definisce la proporzione che tali varianti rappresentano sul totale delle varianti presenti.

Per la variante XEC, già classificata come “Variant Under Monitoring” (VUM) il 24/09/2024, il WHO ha pubblicato il documento “Initial Risk Evaluation” in data 09/12/2024 (https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/09122024_xec_ire.pdf?sfvrsn=13695ab6_2).

ANDAMENTO DEI MACRO-LIGNAGGI RAGGRUPPATI

L’andamento dei macro-lignaggi dalla settimana 36 del 2024 risulta essere graficato nella figura 5

Le varianti dominanti a settembre e ottobre 2024

Campioni acqua reflua delle settimane 36-37-38-39-40-41-42-43-44/2024

Per il depuratore di Castiglione Torinese, dalla settimana 36 alla 42 del 2024 la variante dominante è KP.3.1.1, mentre nella settimana 43 del 2024 la variante dominante è KP.3. Nella settimana 44 del 2024 la variante dominante ritorna essere KP.3.1.1.

Nella tabella e nella figura che seguono sono riportate, in sintesi, le varianti dominanti di SARS-CoV-2 individuate in ciascuna settimana per il depuratore di Castiglione Torinese:

La prossima figura mostra nel dettaglio l’alternanza delle sottovarianti dominanti di SARS-CoV-2 identificate in Piemonte a partire dalla 49sima settimana del 2021 con cadenza settimanale per i 4 depuratori analizzati. Per ogni settimana, alla dominanza di ciascun depuratore è stato associato il valore di ¼, che ha permesso di monitorare la variazione della dominanza complessiva nella regione Piemonte.

Le varianti non dominanti di SARS-CoV-2 a settembre e ottobre 2024

Nella tabella e nelle figure sono riportate le sottovarianti di Omicron per il depuratore di Castiglione Torinese e la loro abbondanza relativa, la quale definisce la proporzione che tali varianti rappresentano sul totale delle varianti presenti.

Le varianti LB.1 e XEC sono state classificate dal WHO come “Variant Under Monitoring” (VUM) rispettivamente il 28/06/2024 e il 24/09/2024.

Le varianti dominanti a luglio e agosto 2024

Campioni acqua reflua della settimana 27-28-29-30-31-32-33-34-35/2024

Per il depuratore di Castiglione Torinese, nella settimana 27 del 2024 la variante dominante è JN.1.16, mentre nella settimana 28, 29 e 30 del 2024 la variante dominante è la JN.1.11.1. Nella settimana 31 del 2024 la variante dominante è KP.3.1; mentre nelle settimane 32 e 33 del 2024 la variante dominante è KP.3.1.1. Per le settimane 34 e 35 la variante dominante è la KP.3.

La tabella seguente rappresenta la situazione riassunta per il depuratore di Castiglione Torinese:

Di seguito è riportata la tabella descrivente le sottovarianti di Omicron ritrovate con bassa frequenza per il depuratore di Castiglione Torinese.

Il grafico che segue mostra nel dettaglio l’alternanza delle sottovarianti dominanti di SARS-CoV-2 identificate in Piemonte a partire dalla 49sima settimana del 2021 con cadenza settimanale per i 4 depuratori analizzati. Per ogni settimana, alla dominanza di ciascun depuratore è stato associato il valore di ¼, che ha permesso di monitorare la variazione della dominanza complessiva nella regione Piemonte.

Le varianti dominanti a maggio e giugno 2024

Campioni acqua reflua della settimana 19-20-21-22-23-24-25-26/2024

Per il depuratore di Castiglione Torinese, nelle settimane 19, 22, 23, 24 e 25 del 2024 la variante dominante è JN.1.16 (Clade 24A), mentre nella settimana 20 del 2024 la variante dominante è la JN.1 (Clade 24A). Nella settimana 21 del 2024, l’analisi bioinformatica ha evidenziato un conflitto per l’assegnazione della variante dominante tra le sottovarianti JN.1.16 e JN.1.18, quest’ultima è stata classificata come “Variant Under Monitoring” (VUM) dal WHO dal 03/05/2024. 

Nella settimana 26 del 2024, la variante dominante è KP.3.1.1 (Clade 24B).

La tabella seguente rappresenta la situazione riassunta per il depuratore di Castiglione Torinese: 

Di seguito è riportata la tabella descrivente le sottovarianti di Omicron ritrovate con bassa frequenza per il depuratore di Castiglione Torinese.

Settimane 19-20-21-22-23-24-25-26/2024

Il grafico che segue mostra nel dettaglio l’alternanza delle sottovarianti dominanti di SARS-CoV-2 identificate in Piemonte a partire dalla 49sima settimana del 2021 con cadenza settimanale per i 4 depuratori analizzati. Per ogni settimana, alla dominanza di ciascun depuratore è stato associato il valore di ¼, che ha permesso di monitorare la variazione della dominanza complessiva nella regione Piemonte.

Sequenziamento acque reflue: le varianti dominanti nella primavera 2024 nel depuratore di Castiglione Torinese