Sequenziamento acque reflue: dominanza delle sottovarianti Omicron BE.1.1 e BQ.1.1
Nella 51° settimana del 2022, relativa ai campionamenti del 19 dicembre scorso, si ha la dominanza della sottovariante di Omicron BE.1.1 (BA.5.3.1.1.1) (Clade 22B) nei depuratori di Alessandria, Castiglione Torinese e Cuneo, mentre nel depuratore di Novara la variante dominante è BQ.1.1 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1) (Clade 22E).
In merito alla sottovariante di Omicron BA.5 sono state osservate mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza per le seguenti sottovarianti:
- nel depuratore di Novara, BQ.1.1.14 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.14);
- nel depuratore di Cuneo BQ.1.7 (BA.5.3.1.1.1.1.1.7) e BQ.1.1.26 (BA.5.3.1.1.1.1.1.1.26);
- nel depuratore di Alessandria, CK.2.1.1 (BA.5.2.24.2.1.1), BQ.1.15 (BA.5.3.1.1.1.1.1.15).
Il depuratore di Alessandria presenta inoltre mutazioni condivise tra le sottovarianti BQ.1.8 (BA.5.3.1.1.1.1.1.8), BQ.1.8.1 e BQ.1.8.2 e mutazioni condivise tra le sottovarianti CK.2.1.1, DG.1 (BA.5.2.24.2.1.1.1).
Per quanto riguarda la sottovariante di Omicron BA.4 si osserva nel depuratore di Novara la presenza di mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.4 e BA.4.7.
In merito alla sottovariante di Omicron BA.2, sono state osservate mutazioni specifiche a bassa frequenza per le sottovarianti:
- BA.2.50 nel depuratore di Castiglione Torinese;
- BA.2.3.6, BA.2.75.7, BA.2.64, BM.5 (BA.2.75.3.5), CM.1 (BA.2.3.20.1), BA.2.70, BA.2.27 e mutazioni condivise tra le sottovarianti BS.1 (BA.2.3.2.1) e BS.1.2 nel depuratore di Cuneo;
- mutazioni condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BN.1.2 (BA.2.75.5.1.2), BN.1.2.1, BN.1.7 e BN.1.9 e mutazioni, con frequenza in diminuzione, condivise tra le sottovarianti BA.2.75, BM.4.1 (BA.2.75.3.4.1), CH (BM.4.1.1), CH.1, CH.1.1, CH.1.1.1 e CH.1.1.2 nel depuratore di Novara;
- BR.4 (BA.2.75.4.4) e BA.2.10.3nel depuratore di Alessandria.
Per quanto riguarda le sottovarianti ricombinanti si osserva:
- nel depuratore di Alessandria la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBB.1.5 (ricombinante tra BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1 (BA.2.75.3.1.1) e mutazioni condivise tra le sottovarianti XBB.1, XBB.1.1, XBB.1.2, XBB.1.3, XBB.1.4, XBB.1.4.1, XBB.1.5, XBB.2, XBB.3, XBB.3.1, XBB.4, XBB.4.1 e XBB.5;
- nel depuratore di Novara la presenza di mutazioni specifiche ed univoche con bassa frequenza appartenenti alla sottovariante XBB.
Non si osservano mutazioni specifiche ed univoche per le sottovarianti Omicron BA.1 e BA.3.
