Sequenziamento delle acque reflue per individuare le varianti del virus del Covid: fase di transizione dalla dominanza della variante Delta a Omicron

5 gennaio 2022

Un virus non è autonomo ed è in grado di vivere e moltiplicarsi soltanto all'interno delle cellule dell'organismo che lo ospita, dove, moltiplicandosi, può subire mutazioni nel suo patrimonio genetico risultando alla fine un virus diverso da quello originario. Questo nuovo virus viene indicato come “variante”.

In generale, le varianti non hanno caratteristiche così diverse dal virus originario e non sono quindi così interessanti sotto il profilo epidemiologico. In alcuni casi, però, una variante può distinguersi dalle altre in quanto dotata di maggiore aggressività e velocità di infezione.

In quanto al virus SARS-CoV-2, nel primo anno della pandemia sono state identificate centinaia di mutazioni che non hanno inciso in modo sostanziale sulle patologie causate. Dall’ultimo trimestre 2020, invece, hanno iniziato a circolare varianti con caratteristiche cliniche diverse da quelle originarie ed è quindi diventata importante la loro rilevazione nell’ambiente.

Da alcuni mesi, il Centro regionale di Biologia molecolare dell’Arpa Piemonte effettua su campioni di acque reflue il sequenziamento dell’intero genoma virale, che consiste in una lettura molto precisa dell'informazione contenuta nel patrimonio genetico del virus permettendoci di controllare la presenza e/o la diffusione delle mutazioni di una particolare variante non appena questa viene resa nota dal WHO (World Health Organization).

Le mutazioni nucleotidiche del genoma vengono rilevate settimanalmente sulle acque reflue che confluiscono nei depuratori di Castiglione Torinese, Alessandria, Cuneo e Novara, che rappresentano il territorio regionale secondo un criterio di quadrantizzazione geografica.

Il monitoraggio puntuale delle mutazioni tipiche ed univoche della variante Omicron, sia in termini di rilevazione della loro presenza/comparsa  nel tempo che in termini di rilevazione delle rispettive frequenze percentuali ha permesso di osservare che le prime mutazioni specifiche della variante Omicron sono comparse a partire dalla 50ma settimana del 2021 nelle acque reflue conferite al depuratore di Alessandria e dalla 51ma settimana nelle acque reflue in ingresso agli altri tre depuratori.

Dall’analisi bioinformatica dei dati di sequenziamento per i campioni prelevati il 27 dicembre scorso non si identifica una variante prevalente ma il quadro complessivo dei dati conferma che stiamo attraversando una probabile fase di transizione dalla dominanza della variante Delta a quella della variante Omicron su tutto il territorio regionale.

 

 

 

 

 

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